Η εξεταστέα ύλη του Πανελλήνιου Διαγωνισμού Βιολογίας είναι προσαρμοσμένη στη διδακτέα ύλη κάθε τάξης του Λυκείου έτσι ώστε οι διαγωνιζόμενοι μαθητές να μην απομακρύνονται από τον σχολικό προγραμματισμό των διδακτικών δραστηριοτήτων τους.
Στις φάσεις Α και Β οι μαθητές εξετάζονται στα θεωρητικά, καλούνται δηλαδή να απαντήσουν σε ερωτήματα κλειστού ή ανοικτού τύπου.
Στη Γ φάση οι μαθητές εξετάζονται πρακτικά σε εργαστηριακό χώρο, καλούνται δηλαδή να εφαρμόσουν εργαστηριακές τεχνικές που προτείνει η εξεταστική επιτροπή, να πραγματοποιήσουν μετρήσεις και να διατυπώσουν συμπεράσματα. Στη φάση αυτή δεν υπάρχει εξεταστέα ύλη γιατί οι εργαστηριακές τεχνικές προσαρμόζονται κάθε χρόνο στις ανάγκες της εκάστοτε Ολυμπιάδας. Οι μαθητές έχουν την δυνατότητα της εξάσκησης πριν την έναρξη της διαδικασίας.